Le système est fragile, l'offre de qualité concentrée sur Cotonou et l'agglomération littorale. Hors de la capitale, le plateau technique est limité : pour tout incident sérieux (chirurgie lourde, réanimation, cancérologie), une évacuation vers Dakar, Abidjan ou l'Europe est généralement nécessaire (France Diplomatie recommande de rentrer en France pour les soins sérieux). Cliniques privées de référence à Cotonou : CICA (Clinique Internationale de Cotonou Aupiais), Clinique Mahouna, Clinique Hagnon. Paludisme sur tout le territoire toute l'année.